Hacia fines del año 1963, un grupo de padres de familias zarateñas junto al Padre Bruno Canal, Párroco de la Parroquia Nuestra Señora del Carmen, alientan la idea de crear un “colegio secundario católico para varones”.

El crecimiento experimentado nos convoca a resolver las actuales  y futuras necesidades producto de los nuevos requerimientos de la comunidad y de los problemas de infraestructura que se nos presentan, con más  y mejores  aulas y con instalaciones acorde a los nuevos desafíos.

Es por ello que en el año 2012 se emprende un nuevo proyecto de ampliación edilicia, viejo anhelo de nuestra comunidad, y el 10 de Diciembre de ese mismo año se inician las obras de construcción de un edificio de 3 plantas en la sede de calle San Martín y Belgrano, que contará con 15 nuevas aulas y dependencias, habilitándose parcialmente las mismas el día 11 de Marzo de 2020.

Hoy podemos decir que nuestro Instituto es una conjunción de su tradición y de los valores transmitidos desde sus orígenes, con la innovación y permanente mejora de nuestra propuesta educativa/pedagógica para dar a nuestros alumnos una educación de calidad, en un mundo en permanente cambio y progreso.

Con la aprobación del Señor Obispo de San Nicolás, Monseñor Silvino Martínez, se ponen en marcha todas las gestiones necesarias para la creación y habilitación del mismo, cediendo el Obispado para ello el solar de la calle San Martín y Belgrano donde en la década de 1920 funcionara el entonces Colegio Parroquial San Luis.

Así, el 13 de Marzo de 1967 se logra inaugurar la institución educativa, comenzando las clases con tan sólo 17 alumnos varones; que dos años más tarde pasará a ser de enseñanza mixta.

El nombre de “Instituto José Manuel Estrada” fue impuesto por el Padre Bruno Canal quien escribe: “Estrada fue un verdadero maestro, un ferviente católico y una de las grandes personalidades de la historia,  nuestro Instituto se honra en llevar su nombre”. 

En Mayo de 1970 se inaugura la construcción formada por 3 aulas y hall central del hexágono, y en Marzo de 1972 se inauguran las 3 aulas restantes del hexágono. En enero de 1973 se inicia la refacción del sector de la vieja casona, con la construcción de 2 aulas sobre la calle Belgrano, que son inauguradas junto al hall de entrada y escalera, el 25 de Mayo de ese mismo año.

El 8 de Agosto de 1972 el Obispado de San Nicolás, dueño del solar donde funciona esta casa de estudios, en generoso gesto de Monseñor Carlos Horacio Ponce de León, resuelve ceder la propiedad de dicho inmueble y del establecimiento educativo, con la condición que su marcha sea regida por una Fundación sin fines de lucro, con miembros directivos ad-honorem y que instruya la enseñanza de acuerdo a las directivas de la Iglesia Católica y el Concilio Vaticano II. La venta se concreta finalmente el 18 de Diciembre de 1973.

Así, y para dar cumplimiento a la  condición establecida, el 24 de Mayo de 1976 luego de la aprobación por parte de Monseñor Ponce de León del estatuto social, se constituye la “Fundación José Manuel Estrada”, integrada por padres de alumnos del Instituto, otorgándosele el día 26 de Junio de 1978 la personería jurídica, rigiendo la misma los destinos de la institución hasta la actualidad.

Años más tarde se decide la creación del Nivel Terciario, obteniéndose en Diciembre de 1979 la autorización por parte de la Superintendencia Nacional de Enseñanza Privada (S.N.E.P.), comenzando a funcionar a partir del año 1980 y concluye sus actividadess en el año 2020.

Luego de ello, y con motivo de la sanción de la Ley nº 24.195 de reforma educativa, en el año 1996 se crea el Nivel Primario con curso Preescolar, funcionando en la sede de calle 25 de Mayo nº 352, independizándose finalmente este último como Nivel Inicial a partir del año 2004, pasando a funcionar en la sede de calle Castelli nº 430.